手術室凈化工程對于新建的醫用凈化空調系統，建議將作為機組的在線、實時消毒的標準配置。對于目前大量傳統安裝的醫用凈化空調機組，只要對現場安裝的機組中增設一根循環風管，中間設自動氣密性風閥E。一般來說，在機組原進、出兩端各有一臺手動的進風調節風閥B和出風調節閥C，調節閥氣密性較差，不能用于切斷氣流的密閉風閥。因此必須在循環管的前后各增設一臺進風自動密閉風閥A和出風自動密閉風閥D。將VHP發生器的輸送系統中的一根輸送管直插入醫用凈化空調機組的進風段，前有一密閉閥門進行控制。一個簡單的開關電路構成的自控系統連接系統中的所有電動風閥或閥門，就可改造為在線實時消毒醫用凈化空調機組了。

在手術室凈化工程醫用凈化空調機組平時正常運行狀態時，在線自控系統將氣密性風閥E關閉，密閉風閥A和密閉風閥D開啟，整個凈化空調系統處于正常運行狀態。

當一個消毒周期開始前，整個系統停運，進入消毒狀態。在線自控系統將所需消毒的醫用凈化空調機組的氣密性風閥E開啟，密閉風閥A和密閉風閥D關閉。并關閉機組蒸汽加濕器進口。為了將所要消毒的醫用凈化空調機組箱體內空間的相對濕度降到50%以下，可先讓醫用凈化空調機組用內置風機自循環運行，用內置的冷盤管不斷降溫除濕，達到穩定狀態，關閉排水管的出口。然后開啟內置的加熱盤管，只要箱體空間內溫度不要超過70℃，相對濕度甚至可以降到理想的40%。整個過程可以利用內置在空調機組內的溫濕度傳感器在線控制。此時，在線自控系統開啟VHP發生器與插入醫用凈化空調機組的進風段VHP輸送管的密閉閥門。VHP進入醫用凈化空調機組，遍布整個空間，隨氣流不斷地自循環，多次反復流經醫用凈化空調機組的所有部件，殺滅了附著在各種表面上所有微生物。消毒時間一般持續90min至120min，整個過程可以在線監控，可以通過生物指示劑進行驗證。至于注入VHP的濃度與消毒時間，取決于醫用凈化空調機組污染程度與達到消毒滅菌的效果。VHP濃度一般為100ppm~400ppm。在有效地完成了醫用凈化空調機組的消毒后，關閉VHP輸送管的密閉閥門，空轉30min即可打開醫用凈化空調機組所有檢修門。在線自控系統將所有控制密閉閥門和風閥回復到正常運行狀態，無需再進行清洗，就可以進入正常運行了。上述整個消毒過程無需配置專門的除濕干燥系統。如果注入VHP的濃度高、消毒時間不允許太長，可在循環風管處增設催化裂解裝置，加快VHP分解，迅速將VHP濃度降到無害（0.1ppm安全水平）。如要在線監控消毒空間內的VHP濃度，完全可以安裝VHP濃度傳感器，只是價格較高。

從原理上講VHP可以穿透空氣過濾器，并進行消毒。如果機組內空氣過濾器快到更換期就拆除，不必再消毒了。

值得注意的是整個過程不要動醫用凈化空調機組前后的手動調節風閥，這是系統調節風量平衡用的，一旦整個系統調試結束后固定，一般不再更改。